A Escola Agrícola de Jundiaí foi criada pela lei Nº 202 de dezembro de 1949, como "Escola Prática de Agricultura", com localização na antiga Fazenda Jundiaí, distante 3 Km da sede do município de Macaíba, e a 25 Km de Natal, capital do Rio Grande do Norte.

A Escola Prática de Agricultura foi transformada em "Escola Agrotécnica de Jundiaí", pelo convênio firmado entre o estado do Rio Grande do Norte e o Ministério da Agricultura, em 09 de abril de 1954, ficando subordinada à Direção de Ensino Agrícola e Veterinário daquele Ministério.

Por força do Decreto Nº 61.162, de 16 de agosto de 1967, foi incorporada à Universidade Federal do Rio Grande do Norte, passando posteriormente à denominação de Colégio Agrícola de Jundiaí – CAJ.

A transferência da Escola para a UFRN visava, entre outros objetivos, a implantação do Curso de Agronomia em sua base física, o que não veio a acontecer.

Com a Resolução Nº 006/2002 – CONSUNI, de 16 de agosto de 2002, que aprovou modificações e alterações no Regimento Geral da UFRN, a Unidade recebe a atual denominação de Escola Agrícola de Jundiaí.

Em 19 de dezembro de 2007, através da Resolução Nº 11/2007 – CONSUNI, a Escola Agrícola de Jundiaí passou da condição de Órgão Suplementar para Unidade Acadêmica Especializada em Ciências Agrárias, integrada à estrutura acadêmica e administrativa da UFRN.

É definida nos termos do Art. 9º do Estatuto da UFRN, como unidade das atividades de ensino, pesquisa e extensão em Ciências Agrárias, e visa a integração entre as suas várias sub-áreas de conhecimento mediante aperfeiçoamento do ensino prestado, o que requer estruturação de bases e grupos e pesquisas voltados especialmente ao desenvolvimento tecnológico das cadeias produtivas agroalimentares e agroindustriais.

A intenção expressa no Art. 2º da sobredita Resolução é a de que a Unidade Acadêmica venha a tornar-se a médio e longo prazo em Centro de Excelência em Ciências Agrárias, o que requer a implantação de novos cursos de formação tecnológica em níveis médio, de graduação e de pós-graduação na mesma área de conhecimento.